Después de una dilatada carrera detrás del plato, Tony Peña decidió en 1997, retirarse como jugador, pero no del béisbol, para comenzar una nueva carrera como manager.
Tony ya había conseguido la mayoría de edad como jugador, 18 años en Grandes Ligas con 1,988 juegos, 7,073 visitas al plato y 6,489 turnos oficiales con los Piratas, Medias Rojas, Cardenales, Indios y Astros.
Inventó un estilo de recibir sentado, por lo que pudo soportar 15,972 entradas en las mayores, que le valieron para coleccionar cuatro guantes de oro en la difícil posición de receptor.
Con ese arsenal de experiencia comienza en 1999 su carrera como manager con el equipo New Orleans Zophrys, donde en el 2001 ganó la División Este de la Liga de la Costa del Pacífico.
Peña levanta su primer trofeo como Manager del Año, en una carrera que apenas comenzaba.
Como era de esperarse, en béisbol otoño invernal de la República Dominicana, Tony Peña se puso al frente de las Águilas Cibaeñas, equipo para el cual jugó toda su carrera en el país.
Con Tony como mentor las Águilas se coronaron campeones en 1997/98, venciendo en la final a los Tigres del Licey, asegurando el trofeo de Manager del Año.
Se fue con las Águilas Cibaeñas a Venezuela para participar en la Serie del Caribe, se coronó campeón y Tony fue electo el Manager del Equipo Todos Estrellas del clásico caribeño.
En la campaña 1999/2000 Tony volvió a llevar a las Águilas a la cima, derrotando a las Estrellas Orientales en el último tramo y sumando otra diadema de Manager del Año en la pelota dominicana.
La gran oportunidad de dirigir en Grandes Ligas llegó para Tony Peña en el año 2013, cuando fue puesto al frente de los Reales de Kansas City.
Una franquicia pobre, sin jugadores súper estrellas Tony comenzó a hacer ruidos cuando a mitad de temporada tenía siete juegos de ventaja en la primera posición.
Finalmente, los Reales terminaron con 83-79 en la tercera posición, pero Tony Peña fue electo el Manager del Año en la Liga Americana.
Diez años más tarde, en el 2013, Tony se puso el uniforme de la República Dominicana para participar en el Clásico Mundial de Béisbol.
Logró aglutinar un gran equipo con jugadores como Robinson Canó, Nelson Cruz, Edwin Encarnación, Manny Machado, José Reyes, Carlos Santana, José Bautista, Miguel Tejada, entre otros.
República Dominicana con Tony Peña de mentor, hizo la hazaña de conquistar invicto con 8-0 el Clásico Mundial de Béisbol del 2013.
Así, Tony Peña como manager coleccionó trofeos en triple A, Grandes Ligas, Lidom, Serie del Caribe y el Clásico Mundial, una proeza sin precedentes en el béisbol.